据了解，建立自然资源资产本底，是国有自然资源资产管理体制改革的重要基础工作，也是推动三江源国家公园体制试点的重点任务之一。这项工作由三江源国家公园管理局牵头，历时半年，分别完成了三江源国家公园、三江源国家自然保护区、可可西里世界自然遗产地等区域的自然资源本底调查。
三江源国有自然资源本底调查的主要内容包括：在三江源国家公园自然资源确权登记成果的基础上，以三江源国家公园体制试点区范围为主，建立地理基础统一、资源边界清晰、资源状况明了的草地、地表水、林地、湿地四大主要自然资源的空间分布、数量、登记、状况的本底数据库，建立三江源国有自然资源基础信息平台和自然资源综合管理信息服务平台，为三江源国有自然资源资产的严格保护、管理管控、高效利用奠定基础并探索经验。
目前，调查工作已形成《三江源国家公园、可可西里世界自然遗产地及三江源国家级自然保护区草地资源本底调查报告》《可可西里世界自然遗产地森林与湿地资源调查报告》《三江源国家公园森林与湿地资源调查报告》《三江源国家级自然保护区森林与湿地资源调查报告》《三江源国家公园、可可西里世界自然遗产地及三江源国家生态保护综合试验区水资源本底调查报告》等调查成果，并分别通过专家审查。
调查显示，三江源国家公园林地资源总面积为29.9万公顷，湿地资源总面积为214.83万公顷;三江源国家级自然保护区林地资源总面积为224.88万公顷，湿地资源总面积为318.63万公顷;可可西里世界自然遗产地林地资源总面积为8.52万公顷，湿地资源总面积为107.85万公顷。
调查显示，三江源水质优良。从水资源质量成果看，三江源国家公园、可可西里世界遗产地、三江源国家生态保护综合试验区内的河流多属于少沙河流。三江源大部分地区输沙模数低于200吨/平方公里，仅在黄河龙羊峡至贵德段河谷及沿线支流下游输沙模数超过1000吨/平方公里。三江源国家公园、可可西里世界自然遗产地、三江源国家生态保护综合试验区参与评价的河流，水质均达到或优于二类标准。调查的三江源区主要湖库中，青海湖、扎陵湖和鄂陵湖水质类别为二类，均处于中营养状态。三江源国家公园、可可西里世界自然遗产地、三江源国家生态保护综合试验区内参与评价的29个水功能区，均达到水功能区水质目标。三江源内建制市和县级政府所在城镇的集中式饮用水水源地以及供水人口大于一万人的农村人饮水源地水质满足《生活饮用水卫生标准》要求，地表水水源地水质均达到一类，地下水水源地水质均达到二至三类。
调查显示，三江源有四大类湿地资源。三江源国家公园湿地类型主要有河流湿地、湖泊湿地、沼泽湿地和人工湿地。天然湿地包括河流湿地、湖泊湿地、沼泽湿地，人工湿地有水库。据本次调查数据分析，三江源国家公园湿地总面积为214.83万公顷，其中，沼泽湿地占地面积最大，人工湿地面积最少。三江源国家级自然保护区湿地资源总面积为318.63万公顷。
调查显示，目前三江源国家公园草地资源总面积为995.85万公顷，其中长江源园区草地资源面积最大，占708.66万公顷，其次为黄河源园区，占162.63万公顷，澜沧江源园区占124.56万公顷。草地类型主要有高寒草甸类、高寒草原类、高寒荒漠类和山地草甸类，其中以高寒草甸类和高寒草原类为最大草地类;三江源国家公园内草地未退化面积为216.90万公顷，草地综合植被盖度为53.85%。在三江源国家级自然保护区内，18个保护分区草地资源面积总计为1244.73万公顷，保护区内草地未退化面积为351.41万公顷。可可西里世界自然遗产地草地资源总面积为507.51万公顷，草地类型为高寒草甸类、高寒草原类和高寒荒漠类3类。
三江源地区是高原生物多样性最集中的地区之一，经实地监测，现发现33种三江源区重点保护植物，分别为达乌里秦艽、短管兔儿草、高山龙胆、黑蕊虎耳草、华福花、青海虎耳草、青海茄参、梭罗草、椭圆叶花锚、掌叶大黄、中麻黄、青藏雪灵芝、青海雪灵芝、甘肃雪灵芝、小缬草、青海玄参、麻花艽、簇生柴胡、黑柴胡、蕨麻、狭叶红景天、鸡爪大黄、小果白刺、川西獐芽菜、抱茎獐芽菜、西南手参、驼绒藜、甘草、青海披碱草、青海野青茅、暗紫贝母、梭砂贝母、轮叶黄精。
调查显示，三江源国家公园林地资源总面积约为30万公顷。按照《三江源国家公园、可可西里世界自然遗产地及三江源国家级自然保护区森林、湿地资源本底调查实施方案》的要求，本次调查对象分别为油麦吊云杉、唐古特大黄、川西獐牙菜、羌活、华福花、狭叶红景天、暗紫贝母、短管兔耳草、五脉绿绒蒿、沙棘等10种重点保护植物。其中，油麦吊云杉资源分布总面积为14.23平方公里，全部分布在泽库县麦秀林区;唐古特大黄资源分布总面积为7180平方公里，以拉加区分布面积最大，为4320平方公里;川西獐牙菜资源分布总面积为2270平方公里，以直门达区分布的面积最大，达到1130平方公里。通过调查，摸清了上述10种植物的生存现状及资源现状。
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